生物信息学 / 陈铭主编. -- 3版. -- 北京 : 科学出版社, 2018. – (58.17115/7487/3版)

Contents

序

第三版前言

第一版前言

第一章 生物信息学的概念及发展历史

    第一节 生物信息学的发展历史

    第二节 生物信息学的研究领域

    第三节 生物信息学的主要应用

    第四节 生物信息学面临的挑战

    思考题

    参考文献

第二章 生物学数据库及其检索

    第一节 生物学数据库简介

．  第二节 生物学数据库的数据存储格式

    第三节 生物学数据库的检索

    思考题

    参考文献

第三章 序列比对原理

    第一节 序列比对相关概念

    第二节 序列比对打分方法

    第三节 序列比对算法

    第四节 序列比对工具

    第五节 多序列比对

    思考题

    参考文献

第四章 蛋白质结构预测与分析

    第一节 蛋白质结构组织层次

    第二节 蛋白质结构的测定与理论预测

    第三节 蛋白质对接

    第四节 蛋白质折叠与疾病

    思考题

    参考文献

第五章 真核生物基因组的注释

    第一节 蛋白质编码基因的注释

    第二节 RNA基因的注释

    第三节 重复序列的注释

    第四节 假基因的注释

    第五节 案例分析：黄瓜基因组的注释

    思考题

    参考文献

第六章 转录组学

    第一节 转录组学概述

    第二节 试验设计和测序流程

    第三节 转录组数据核心分析

    第四节 功能分析

    第五节 RNA-seq数据分析案例

    思考题

    参考文献

第七章 非编码RNA

    第一节 非编码RNA概述

  第二节 非编码RNA的分类

    第三节 microRNA

    第四节 circRNA

    第五节 其他小分子RNA

    思考题

    参考文献

第八章 蛋白质组学

    第一节 蛋白质组学概述

    第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术

    第三节 蛋白质的翻译后修饰

    第四节 蛋白质分选

    第五节 蛋白质相互作用

    思考题

    参考文献

第九章 系统生物学

    第一节 系统生物学基本概念

    第二节 系统生物学基本技术与方法

    第三节 基因表达调控网络

    第四节 代谢网络

    第五节 信号转导途径

    第六节 蛋白质—蛋白质相互作用网络

    第七节 虚拟细胞

  第八节 生物学网络的构建、分析与可视化

    思考题

    参考文献

第十章 合成生物学

  第一节 合成生物学概述

    第二节 合成生物学基础研究经典实例

    第三节 合成生物学应用研究经典实例

    思考题

    参考文献

第十一章 分子进化与系统发育

    第一节 分子进化与系统发育

    第二节 分子系统发育树的构建方法-

    第三节 系统发育树构建及应用

    思考题

    参考文献

第十二章 统计学习与推理

    第一节 统计学习与推理基础

    第二节 统计模型与参数推断

    第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别

    第四节 贝叶斯推理

    第五节 隐马尔可夫模型

    第六节 动态神经网络

    第七节 支持向量机

    第八节 MATLAB的应用实例

    思考题

    参考文献

第十三章 生物信息学编程基础

    第一节 Linux操作系统

    第二节 生物信息学中的编程语言

    第三节 SQL及数据库编程

    第四节 并行计算

    思考题

    参考文献

第十四章 新一代测序技术及其应用

    第一节 测序技术概述

    第二节 第二代测序原理

    第三节 第二代测序技术的应用

    第四节 生物信息学在第二代测序中的应用

    第五节 生物信息学新技术与发展趋势

    思考题

    参考文献