生物计算 : 生物序列的分析方法与应用 / 杨晶 ... [等] 编著.——北京:科学出版社,2010. – (58.17115/4760)

Contents

    目 录<br>    
    《数学与现代科学技术丛书》序
    前言
    第一部分 基本方法
    第1章 生物序列突变与比对分析<br>     1．1 生物序列突变与比对问题<br>     1．2 重序列比对的有关算法
     1．3 多重序列的比对问题<br>     1．4 MSA算法与计算<br>     1．5 SPA算法的原理与计算
     习题与思考<br>    第2章 系统发育分析
     2．1 分子系统发育分析的基本概念<br>     2．2 基于距离的方法<br>     2．3 基于特征的方法<br>     2．4 极大似然和Bayes方法
     2．5 构建进化树软件简介<br>     习题与思考<br>    第3章 蛋白质一级结构的语义分析
     3．1 蛋白质一级结构的信息与统计分析法
     3．2 蛋白质序列语义结构的组合分析法<br>     习题与思考<br>    第4章 蛋白质结构预测<br>     4．1 蛋白质二级结构预测<br>     4．2 蛋白质空间结构预测<br>     4．3 蛋白质结构预测软件简介<br>     习题与思考<br>    第5章 基因识别
     5．1 绪论
     5．2 基因序列特征分析116
     5．3 开放阅读框识别119
     5．4 隐Markov模型基因识别方法126
     5．5 其他基因识别方法简介135
     习题与思考138
    第6章 基因表达数据分析139
     6．1 基因表达序列标签数据分析简介139
     6．2 基因芯片数据的获取147
     6．3 基因芯片数据分析153
     6．4 基因芯片数据聚类分析159
     6．5 其他基因芯片数据分析方法简介173
     6．6 基因芯片数据分析软件简介175
     习题与思考176
    第二部分 生物学备忘录
    第7章 核酸与DNA179
     7．1 细胞与染色体179
     7．2 核酸分子与DNA结构182
     7．3 RNA结构与分类187
    第8章 氨基酸与蛋白质190
     8．1 氨基酸190
     8．2 肽链193
     8．3 蛋白质<br>     8．4 中心法则与遗传密码<br>    第9章 基因与基因组
     9．1 基因
     9．2 基因组<br>     9．3 基因表达与调控<br>    第10章 生物信息数据库<br>     10．1 GenBank数据库<br>     10．2 swiss-Prot数据库<br>     附录1 GenBank数据库中的核酸序列记录<br>     附录2 swiss-Prot数据库中的蛋白质序列记录
    第三部分 数学备忘录<br>    第11章 智能计算理论与算法<br>     11．1 智能计算概论与感知器理论
     11．2 EM算法
     11．3 EM算法在其他统计问题中的应用<br>     11．4 Weka软件的使用<br>    第12章 概率、信息与统计
     12．1 概率与信息<br>     12．2 重要随机变量和极限定理<br>     12．3 统计分析简介<br>     12．4 多元统计中的几个典型问题299
     12．5 R统计软件包简介309
    第13章 随机过程314
     13．1 随机过程的一般理论314
     13．2 Markov过程321
     13．3 隐Markov模型327
    第14章 有关图与树的基本知识334
     14．1 图的基本概念与结构334
     14．2 组合空间与de Bruijn-Good图337
     14．3 序列与数据库的复杂度理论．340
    参考文献344
    索引357
    《数学与现代科学技术丛书》已出版书目362