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生物信息学中的智能计算理论与方法研究 = The study of intelligent computing theory and methodology in bioinformatics / 黄德双 ... [等]主编.——合肥:中国科学技术大学出版社,2006. – (58.17115/4427) |
Contents
目 录<br>
第一部分 蛋白质结构与相互作用
Structural Modelling of the Saccharomyces Cerevisiae and Candida Albicans PEPCKs：Models for the Antifungal Drug Design ．．．．．．．．Zhen Qian， Liang Shah， Beibei Niu， Feng Wang， Shengrong Tang， Bin Xu， Juhong Tao， Hui Dong， Shuangxi Ren 1
计算机模拟短小芽孢杆菌木聚糖酶与底物木聚糖的对接…………林锦霞，张燎原，张光亚，方柏山 5
数据挖掘在蛋白质二级结构建模中的应用研究………………………刘满强，周承刚，周红莉10
一种基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法 ………………………………………王金华，骆志刚，管乃洋，严繁妹，靳新，张雯15
Effective Protein Folding Prediction Based on Genetic-Annealing Algorithm in Toy Model ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．Xiaolong Zhang，Xiaoli Lin 21
3D Structural Motif Finding in Protein Strutures by Network Alignment………………………………Yong Wang，Zhenping Li，Xiangsun Zhang，Luonan Chen 27
RelBay：A Combined Method for Mining Literature of Protein Phosphorylation Sites………………………Lirong Wang，Wenlong Xu，Xie Dan，Huanqing Feng，Zhaohui Jiang 32
Prediction of Enzyme Catalytic Residues Based on Naive Bayes Classification…………………………………………Yun Xu， Kunpeng Zhang， Guoliang Chen 35
蛋白质折叠速率计算………………………………………………………马彬广39
第二部分 基因测定与算法设计<br> Mining Data of Global Gene Expression in Human Skeletal Muscle Relate to Regular Aerobic Exercise by BRB-ArrayTools……Ke Jiebing，Ma Wenli，Lin Jiandi，Jiang Li，Zheng Wenling 44
酵母基因上游中二聚体寡核苷酸转录调控位点的分析……………………王秀荷，张静，胡俊50
基于基因表达谱的肿瘤分类研究进展………………………………王树林，陈火旺，王戟56
基于大规模DNA微阵列数据的调控亚网络的重建………………………陈晓辉，宁开达，陈铭65
基于模糊关联规则的聚类算法在基因表达数据分析中的研究……………………徐旭东，郑欣70
基于序列特征的戊肝病毒基因分型方法…………………………刘志华，董晨，孟继鸿，孙啸74
细菌基因组水平转移基因预测…………………吴建盛，李菊荣，周豪彦，周童，翁建洪，孙啸79
Quantitative Analysis of Gene Regulatory Networks in Response to Various Environmental Stresses ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．Ting Chen，Feng Li，Bor-Sen Chen，Liang Chert 84
调控元件和组合元件的识别以及全基因组分布分析………………黄甲平，韦芬霞，吴建盛，孙啸89
Hybrid Intelligent Data Mining Techniques and Array CGH in Breast Cancer Profiling … Filippo Menolaseina， Stefania Tommasi， Vita Fedele， Angelo Paradiso， Giuseppe Mastronardi， Vitoantonio Bevilacqua 93
基于基因芯片表达谱的癌症预后元分析研究………………………………杨锡南，孙啸100
针对早期应答基因的专用检测芯片设计……………肖强海，Saleh，Hatem Mohamed，马维骏105
第三部分 序列分析与结构比对<br> 一种快速的序列次序无关的结构比对方法………………………………项俊平，胡茂林110
A New Method for Pairwise Protein Structure Alignment……………………Yuefeng Shen，Bo Li 119
Genome-wide Comparative Phylogenetic Analysis of SBP-box Gene Family in Arabidopsis and Rice…………………Zefeng Yang，Xuefeng Wang，Shiliang Gu，Zhiqiu Hu，Hua Xu，Chenwu Xu 125
第四部分 生物数据库的开发、管理与搜索策略
生物序列数据库管理系统研究…………………………………熊赞，张锐，陈越，朱扬勇 134
基于Web的基因表达数据管理系统的设计与实现…………………徐旭东，韩丹，郑欣，刘国明 139
疾病相关SNP数据的分类组织及数据库构建………张青青，王琦，赵媛嫒，吴建盛，陆祖宏，孙啸143
MoBIoS Index：Support Distance-Based Queries in Bioinformatics……………Rui Mao，Weijia Xu，Willard S．Willard，Smriti R．Rarnakrishnan，Daniel E Miranker 147
第五部分 智能计算在生物信息学领域的应用研究<br> SAT问题的主要算法模型………………………………………………刘伟，孙守霞153
拟位生物信息学分析工具………………………………………………黄健，张安英158
A New Method for Conversion from Torsion Space to Cartesian Space………Banghe Li，Yuefeng Shen 163
Thirty-four Pseudoknots of Twenty-two Human C2H2 Zinc Finger ESTs Discovered by Computational Structural Analysis…………… Shaowu Meng，Zhuo Zhang，Zhong Yang 167
An Adaptive Elastic Registration of Two-Dirnensional Electrophoresis Gel Images Using Intensity Information and Landmark Points………Shicai Fan，Lijiang Wu，Xuegong Zhang 173
具有灾变效应的合作式协同进化遗传算法………………………………程俊，顾幸生179
Data Model of Knowledge Base of Reproductive Biology．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．Chunsheng Han， Shaoyuan Yao， Xiongying Yuan 183
Effect of Decay Functions in Medical Diagnoses with GRLS Neural Networks……………………………………………………Yong Xu，Kwok-Wo Wong，188
第六部分 其他
Bcl-2家族蛋白调控线粒体外膜通透性的细胞自动机模拟……………陈春，崔隽，张帅，沈萍萍194
The Relationship Between Molecular Motions of HIV-I gpl20 Mutants and Their Preferences for Different Conformations…………………Shuqun Liu， Shixi Liu， Ciqun Liu， Yunxin Fu 201
Neighboring Nucleotide Biases of the Intra-Varietal Single Nucleotide Polvmorphisms of the rice Plastid Genome……………………………Xiangjun Tian，Songnian Hu，Jun Yu 217
基于MATLAB的分子系统学研究一一以鳄类分子系统学研究为例………………左先波，吴孝兵22l
