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BioCyc 基因组生物通路数据库试用通知

发布日期:2021-12-16 共有1649人次浏览

BioCyc 数据库是一款集物种基因组、通路信息及组学分析的功能数据库(BioCyc= Databases + Tools)。现在中科院营养与健康研究所,中科院分子细胞科学卓越创新中心(生化细胞所),中科院分子植物科学卓越创新中心(植生所),中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经所)的IP范围内开通BioCyc基因组数据库试用。

试用网址:https://biocyc.org

试用时间:20211215日至2022214


l  建议每个试用者注册个人用户账号(如下图所示),以便永久保存个人试用期间的分析结果,也方便收到来自BioCyc的数据更新提醒。


BioCyc 数据库简介:

BioCyc 数据库是一款集物种基因组、通路信息及组学分析的功能数据库(BioCyc= Databases + Tools),由 SRI International 所开发,该机构位于美国加州,其负责人 Peter Karp 一直是代谢途径生物信息的先驱。他的研究团队最早开发了 EcoCyc 代谢路径数据库,该数据库描绘了大肠杆菌细胞内的完整生化工厂;之后还开发了用于代谢网可视化的算法、用于预测代谢网中的抗菌药物靶标、以及用于预测基因组生物体的代谢路径。后者算法已应用于数千种生物体,变成 BioCyc 数据库。

BioCyc 集合了超过 19000 个测序生物体的基因组和代谢途径的参考,如微生物、人类、酵素、苍蝇及小鼠等及其他真核生物(如真菌、植物)BioCyc 不仅建立个别物种的代谢路径与基因组,也提供了丰富的电子参考资源,对微生物的功能基因体学分析有很大帮助。

BioCyc 涵盖多个数据库,EcoCyc 用于大肠杆菌,MetaCyc 用于所有生物的代谢路径; BioCyc 也提供许多好用的比较分析工具,如 Genome informatics toolsPathway informatics toolsOmics data analysis 等。

Pathway/Genome Databases (PGDBs) 提供了关于不同生物的路径和基因组的电子参考数据,详细介绍了基因表现和代谢组学数据的选项,但许多涉及在路径或代谢图谱上绘制数据的选项也可用于蛋白质组学。

欢迎大家积极试用! 试用期间请自觉遵守相关法律法规,尊重知识产权,合理使用!

                                                       生命科学图书馆

                                                         2021-12-16