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理解生物信息学 / (英)M.泽瓦勒贝，(英)J.O.鲍姆著 ; 李亦学，郝沛主译. —— 北京 : 科学出版社, 2012. – (58.17115/3714) |
Contents
目 录<br>
第l章 核酸的世界3
1．1 DNA和RNA的结构4
1．2 DNA、RNA和蛋白质：中心法则8
1．3基因结构和基因调控12
1．4生命与进化之树16
总结19
名词解释19
扩展阅读21
第2章 蛋白质结构22
2．1初级结构和二级结构23
2．2对生物信息学的启发32
2．3蛋白质通过折叠形成紧凑的结构33
总结35
名词解释36
扩展阅读37
第3章 数据库的处理38
3．1数据库的结构39
3．2数据库类型43
3．3数据库搜索45
3．4数据质量51
总结54
名词解释54
扩展阅读．55
第4章 产生和分析序列联配59
4．1序列联配的原理60
4．2联配分值62
4．3替代矩阵66
4．4插入空缺68
4．5联配类型69
4．6检索数据库74
4．7搜索核酸或蛋白质序列76
4．8蛋白质序列模体或模式81
4．9使用模式和模体搜索83
4．10模式和蛋白质功能85
总结86
名词解释87
扩展阅读88
第5章 序列比对及数据库搜索90
5．1替换矩阵和打分91
5．2动态规划算法98
5．3索引技术和近似算法108
5．4联配分值的显著性116
5．5联配全基因组序列118
总结120
名词解释121
扩展阅读122
第6章 模式、序列和多序列比对124
6．1序列和序列标记125
6．2谱式隐马尔可夫模型132
6．3序列联配141
6．4 利用序列递增(gradual sequence addition)的多序列比对144
6．5其他获得多序列联配的方法152
6．6序列模式发现154
总结159
名词解释160
扩展阅读161
第7章 重现进化历史167
7．1系统发生树的结构和解释168
7．2分子进化及其结果176
7．3系统发生树构建187
扩展阅读200
第8章 构建系统发生树203
8．1 进化模型和进化距离的计算204
8．2产生系统发生树209
8．3产生多种树的拓扑结构216
8．4评价树的拓扑结构221
8．5评估树的特征和比较树的可靠性231
第9章 揭示基因组特征239
9．1基因组序列的初步分析240
9．2原核基因组中的基因预测242
9．3真核基因组中的基因预测244
9．4剪接位点的预测256
9．5启动子区域的预测256
9．6证实预测结果258
9．7基因组注释262
9．8大基因组比较267
总结267
名词解释269
扩展阅读269
第10章 基因检测和基因组注释理论章节<br> 10．1利用决策树检测功能RNA分子273
10．2原核生物基因检测中有用的特征<br> 10．3原核生物基因检测的算法279
10．4真核生物基因检测中用到的特征<br> 10．5预测真核生物基因信号289
10．6预测外显子和内含子296
10．7完整真核生物基因模型301
10．8预测独立基因之余304
总结307
名词解释308
扩展阅读308
第11章 从序列中获得二级结构313
11．1预测方法的类型314
11．2训练和测试数据库317
11．3预测程序准确性评估318
11．4统计和基于知识的方法321
11．5二级结构预测的神经网络方法328
11．6一些需要特殊预测方法的二级结构
11．7跨膜蛋白结构的预测334
11．8卷曲螺旋结构345
11．9 RNA二级结构预测349
总结351
名词解释352
扩展阅读353
第12章 二级结构预测355
12．1定义二级结构和预测精度356
12．2二级结构预测基于残基的偏好性<br> 12．3近邻方法是基于序列片段的相似性<br> 12．4神经网络已经被成功应用于二级结构预测
12．5隐马尔可夫模型已应用在结构预测中389
12．6可以预测结构特征的一般数据分类技术392
总结394
名词解释395
扩展阅读396
第13章 蛋白质结构预测403
13．1势能函数和力场405
13．2用折叠识别法预测蛋白质结构409
13．3同源建模原理416
13．4同源建模的步骤421
13．5自动化同源建模430
13．6 PI3蛋白激酶p110α的同源建模<br> 总结440
名词解释440
扩展阅读441
第14章 结构—功能关系分析444
14．1功能保守性445
14．2结构比较方法450
14．3找到结合位点455
14．4分子对接方法和程序462
总结467
名词解释467
扩展阅读467
第15章 蛋白质谱和基因表达分析471
15．1大规模基因表达分析472
15．2大规模蛋白质表达分析480
总结491
名词解释491
扩展阅读492
第16章 聚类方法和统计学概念493
16．1分析表达数据之前的准备工作494
16．2聚类分析的先决条件是定义所有数据点之间的距离500
16．3聚类方法能鉴定出内部相似且彼此间不同的表达模式502
16．4统计分析可量化观测到的差异表达的显著性水平516
16．5基因和蛋白质表达数据能用于样本分类522
总结524
名词解释525
扩展阅读527
第17章 系统生物学529
17．1什么是系统530
17．2模型的结构539
17．3生物学系统的鲁棒性543
17．4存储和运行系统模型547
总结549
名词解释551
扩展阅读551
附录A 553
概率论、熵和信息553
互斥事件553
发生两个事件553
两个随机变量的发生553
贝叶斯分析554
贝叶斯定理554
参数值的推导554
扩展阅读555
附录B 分子能量函数556
用力场计算分子内部和分子间相互作用的能量556
成键项557
非成键项558
势能在穿线法中的使用559
平均力的势能560
与溶剂效应相关的势能项560
扩展阅读561
附录C 功能优化562
全搜索(full search)方法562
动态规划和分支界限法(branch-and-bound)
局部最优(local optimization)563
下降单纯形(downhill simplex)法563
最速下降(steepest descent)法564
共轭梯度(conjugate gradient)法564
使用二阶导数的方法565
热力学模拟和全局优化565
蒙特卡罗和遗传算法566
分子动力学568
模拟退火568
总结568
扩展阅读569
字符表570
索引582
彩图
