生物芯片技术与实践 / (英)史蒂夫•拉塞尔(Steven Russell)，(英)莉萨•梅多斯(Lisa Meadows)，(英)罗斯林•拉塞尔(Roslin Russell)著 ; 肖华胜 ... [等] 译.——北京 : 科学出版社, 2010. – (58.21/5032)

Contents

    目 录<br>    
    译者序
    前言和致谢<br>    第一章 引言l
     1．1技术介绍1
     1．2发展概况4
     1．3简要概述6
     参考文献9
    第二章 实验设计基础12
     2．1生物芯片基因表达测量中的变异来源13
     2．2对照和重复14
     2．3实验设计17
     2．4小结21
     参考文献22
    第三章 生物芯片的设计和制备24
     3．1探针的选择25
     3．2 cDNA和扩增产物探针26
     3．3寡核苷酸探针28
     3．4生物芯片的制备38
     3．5小结44
     参考文献45
    第四章 样本收集和标记50
     4．1样本收集和RNA提取50
     4．2 RNA的质量评价51
     4．3 cDNA的合成53
     4．4标记方法54
     4．5信号放大58
     4．6 RNA扩增60
     4．7扩增方法的比较67
     4．8荧光标记样本的质量控制68
     4．9小结68
     参考文献69
    第五章 杂交和扫描72
     5．1杂交72
     5．2数据获取75
     5．3信号点定位81
     5．4方法比较85
     5．5数据提取86
     5．6质量控制基本要求89
     5．7小结90
     参考文献91
    第六章 数据预处理94
     6．1预处理基本原理95
     6．2系统误差的来源96
     6．3背景校正97
     6．4数据过滤、标记和加权98
     6．5缺失值的处理99
     6．6数据转换101
     6．7空间效应的处理110
     6．8 Print-Tip Group Loess归一化113
     6．9二维(2D)Loess113
     6．10复合Loess归一化114
     6．11加权Loess归一化115
     6．12使用重复探针增强归一化效果116
     6．13“片问”归一化117
     6．14关于质控的其他注意事项119
     6．15生物芯片质量控制协会(MAQC) 120
     6．16外源RNA对照协会(ERCC) 120
     6．17 EMERALD协会120
     6．18 Affymetrix GeneChip数据的预处理121
     6．19探针校正和整合125
     6．20背景校正126
     6．21归一化129
     6．22小结129
     参考文献130
    第七章 差异表达135
     7．1引言135
     7．2统计学推断138
     7．3参数统计148
     7．4生物芯片数据的线性模型(LIMMA) 157
     7．5非参数统计169
     7．6基因一类别检验173
     7．7小结182
     参考文献185
    第八章 聚类和分类193
     8．1引言193
     8．2相似性度量195
     8．3无监督分析方法：聚类和分区196
     8．4评价聚类质量204
     8．5维数减少207
     8．6有监督的方法209
     8．7模型质量评价213
     8．8小结213
     参考文献214
    第九章 生物芯片数据的存储和数据仓219
     9．1引言219
     9．2 Array Express数据库220
     9．3 Gene Expression Omnibus(GEO) 226
     9．4其他数据存储和数据仓231
     9．5小结234
     参考文献235
    第十章 基因组芯片分析240
     10．1基因组芯片240
     10．2外显子芯片242
     10．3叠瓦芯片243
     10．4扩增子及BAC芯片245
     10．5寡核苷酸叠瓦芯片246
     10．6叠瓦芯片的应用248
     10．7叠瓦芯片的分析255
     10．8小结257
     参考文献258
    第十一章 生物芯片技术在医学中的应用263
     11．1引言263
     11．2病原体研究：疟疾265
     11．3人类疾病表达谱研究271
     11．4比较基因组杂交芯片276
     11. 5 SNPs和基因分型282
     11．6小结289
     参考文献290
    第十二章 其他种类的生物芯片技术301
     12．1蛋白质结合芯片301
     12．2细胞和组织芯片303
     12．3蛋白质芯片306
     12．4小结311
     参考文献311
    第十三章 生物芯片的未来与展望317
     13．1生物芯片技术317
     13．2标记和检测技术318
     13．3成像技术319
     13．4分析技术320
     参考文献321
    索引324