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生物信息学 / 许忠能主编.——北京:清华大学出版社, 2008. – (58.17115/3852) |
Contents
目 录<br>
第1章 生物信息学概述1
1．1背景与定义1
1．2研究内容4
1．3数据库、软件、科研教育机构8
1．4期刊与著作12
1．5生物学、计算机技术与数学基础13
1．6展望1 5
可免费登录的相关网站17
习题18
参考文献18
第2章 生物信息学的生物学基础20
2．1生物学研究的层次20
2．2分子生物学基础37
2．3人类基因组计划49
可免费登录的相关网站57
习题
参考文献57
第3章 数据库与网络基础
3．1数据库技术基础
3．2网络技术简介<br> 可免费登录的相关网站73
习题73
参考文献73
第4章 UNIX操作系统与计算机语言75
4．1 UNIX操作系统75
4．2计算机语言85
可免费登录的相关网站89
习题90
参考文献90
第5章 算法与数学基础91
5．1算法91
5．2图论93
5．3动态规划<br> 5．4贝叶斯统计<br> 5．5马尔可夫模型
5．6隐马尔可夫模型109
5．7神经网络模型114
5．8遗传算法123
5．9聚类分析128
5．10其他应用于生物信息学中的算法132
5．11生物信息学中算法的发展132
可免费登录的相关网站132
习题132
参考文献133
第6章 序列比对134
6．1序列比对的概念134
6．2序列比对的意义135
6．3全局比对与局部比对136
6．4计分方法137
6．5比对的算法过程150
6．6比对软件的使用165
6．7计算机语言编写程序进行序列比对
可免费登录的相关网站
习题
参考文献<br> 第7章 序列拼接
7．1霰弹法测序的DNA序列拼接
7．2杂交测序法的DNA序列拼接
可免费登录的相关网站
习题
参考文献<br> 第8章 生物信息数据库的查询与搜索<br> 8．1生物信息数据库<br> 8．2生物信息数据库的字符匹配查询
8．3生物信息数据库的相似性搜索<br> 可免费登录的相关网站
习题
参考文献<br> 第9章 生物进化与分子系统发育分析213
9．1生物进化213
9．2分子系统发育分析234
可免费登录的相关网站280
习题280
参考文献281
第10章 基因预测与引物设计<br> 10．1基因特征
10．2基于EST的基因鉴定<br> 10．3基因预测的算法<br> 10．4引物设计
10．5网上的基因预测软件<br> 可免费登录的相关网站
习题
参考文献294
第11章 蛋白质结构及其预测295
11．1蛋白质的结构及其实验测定方法295
11．2蛋白质分类304
11．3蛋白质结构预测算法308
11．4蛋白质结构预测软件318
11．5编写计算机程序进行蛋白质二级结构预测322
可免费登录的相关网站325
习题326
参考文献326
第12章 RNA结构与预测328
12．1 RNA的发现及其功能研究328
12．2 RNA的结构特征及其与功能的关系330
12．3 RNA二级结构的预测算法343
12．4网上RNA二级结构分析软件346
可免费登录的相关网站347
习题347
参考文献347
第13章 生物芯片349
13．1引言349
13．2生物芯片的原理350
13．3数据分析356
13．4其他生物芯片技术359
可免费登录的相关网站359
习题359
参考文献359
第14章 计算机辅助药物设计<br> 14．1计算机辅助药物设计的概念
14．2药物设计的理论基础
14．3结合自由能的计算
14．4基于配体的药物设计<br> 14．5基于受体的药物设计<br> 14．6药物发现集成平台404
可免费登录的相关网站406
习题407
参考文献407
第15章 生物分子网络与生物系统仿真408
15．1生物分子网络408
15．2生物系统仿真415
15．3系统生物学概况417
可免费登录的相关网站418
习题419
参考文献419
第16章 DNA计算420
16．1 DNA计算的生物学基础420
16．2 Adleman开创DNA计算研究领域的实验423
16．3 DNA计算的应用434
16．4问题与展望435
可免费登录的相关网站436
习题436
参考文献436
附表1 生物信息数据库437
附表2 中国、美国、英国、加拿大、澳大利亚科研教育机构开设生物信息学专业的情况490
汉英名词索引515
英汉名词索引519
