微生物功能基因组学 / (美)周集中 ... [等] 著 ; 张洪勋, 赵立平[等]译校. ——北京 : 化学工业出版社, 2007. -- (58.63/7725)

Contents

    目 录<br>    
    第1章 基因组学 1
     1．1 引言 1
     1．2 定义和分类 1
     1．3 基因组学的历史回顾 6
     1．4 研究功能基因组学的挑战 8
     1. 5 范围和一般方法 10
     1．6 微生物功能基因组学在真核生物研究中的重要性 13
     1．7 总结 13
    第2章 微生物多样性与基因组学 15
     2．1 引言 15
     2．2 生物化学多样性 15
     2．3 基因多样性 17
     2．4 描述原核生物多样性的挑战 19
     2．5 微生物基因组多样性和全基因组测序 23
    第3章 计算基因组注释<br>     3．1 引言
     3．2 编码蛋白质基因的预测
     3．3 编码RNA基因的预测<br>     3．4 鉴定启动子<br>     3．5 操纵子的鉴定
     3．6 基因的功能类别<br>     3．7 基因组中其他性质的特性描述<br>     3．8 基因组尺度的基因作图
     3．9 现有的基因组注释系统
     3．10 总结
    第4章 微生物进化的基因组学
     4．1 引言
     4．2 直向进化同源基因的鉴定<br>     4．3 基因组中的分子钟
     4．4 水平基因转移的基因组
     4．5 基因重复、基因缺失和其他进化过程的基因组学<br>     4．6 系统进化树 69
     4．7 最小基因组 76
     4．8 基于生活方式进化的基因组学观点 77
     4．9 基因组学有关线粒体进化的观点 78
     4．10 总结 8l
    第5章 基因功能预测的计算方法 84
     5．1 引言 84
     5．2 基因功能推断的方法 84
     5．3 从基因序列到功能 86
     5．4 序列基序的鉴定 95
     5．5 以结构为基础的功能预测 96
     5．6 非同源的方法进行功能推断 100
     5．7 在系统水平上的功能推断 101
     5．8 总结 104
    第6章 DNA微阵列技术 105
     6．1 引言 105
     6．2 微阵列的种类和优点 106
     6．3 微阵列制造 108
     6．4 微阵列杂交和检测 116
     6．5 微阵列图像处理<br>     6．6 用微阵列技术去监测基因表达
     6．7 总结推荐读物
    第7章 微阵列基因表达谱数据分析
     7．1 引言
     7．2 微阵列基因表达数据的归一化<br>     7．3 数据分析
     7．4 差异表达基因的识别<br>     7．5 共表达基因的识别
     7．6 基因表达数据分析在途径推理的应用<br>     7．7 总结
    第8章 诱变
     8．1 引言
     8．2 转座子诱变<br>     8．3 通过等位基因交换进行定向突变
     8．4 反义mRNA分子导致基因沉默
     8．5 总结
    第9章 质谱
     9．1 引言
     9．2 质谱的基本原理<br>     9．3 蛋白质和肽的质谱基础
     9．4 蛋白质和蛋白质组鉴定中的质谱
     9．5 总结
    第10章 蛋白质一配体相互作用的鉴定<br>     10．1 引言
     10．2 可读框的高通量克隆
     10．3 酵母双杂交选择系统
     10．4 使用噬菌体展示来检测蛋白质一配体的相互作用<br>     10．5 在蛋白片段互补实验中检测相互作用<br>     10．6 利用质谱仪研究蛋白质一蛋白相互作用的图谱<br>     10．7 蛋白表达谱以及相互作用中的蛋白质阵列
     10．8 表面细胞质基因组共振生物传感器分析<br>     10．9 总结推荐读物
    第11章 模式生物的功能基因组学：从新的视角看老问题<br>     11．1 引言
     11．2 大肠杆菌：模式真细菌
     11．3 枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)：革兰阳性菌的典范<br>     11．4 酿酒酵母：高等真核生物的模型
     11．5 模式真核生物的比较基因组学<br>     11．6 总结
    第12章 病原菌与环境中重要微生物的功能基因组分析
     12．1 引言
     12．2 通过基因组序列与功能注释研究细菌的致病机理<br>     12．3 比较基因组学：研究细菌致病性的线索
     12．4 用信号物标记突变来发现新的感染相关基因<br>     12．5 应用微阵列描绘基因的功能和相互作用<br>     12．6 病原菌的蛋白质组学<br>     12．7 环境中重要微生物的基因组测序以及功能分析
     12．8 总结
    第13章 基因组学对抗菌药物发现及毒理学的影响
     13．1 引言
     13．2 抗生素药物的发现：历史回顾<br>     13．3 新药开发所遇到的挑战<br>     13．4 微生物基因组学和药物靶点的筛选<br>     13．5 确定治疗用途：药物靶点筛选和验证
     13．6 基因组学和毒理学：毒物基因组学的产生
     13．7 总结
    第14章 微阵列基因组技术在突变分析和微生物检测中的应用<br>     14．1 引言
     14．2 寡核苷酸微阵列用于突变分析<br>     14．3 微阵列用于自然环境中微生物的检测<br>     14．4 总结
    第15章 展望未来：基因组学将超越单细胞学 346
     15．1 引言 346
     15．2 微生物学的信息基础：基因组序列 347
     15．3 基因功能和表达调控网络 350
     15．4 生态学和进化 350
     15．5 系统水平理解微生物群落动力学 351
     15．6 总结 352
    术语表 354
    参考文献 363