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蛋白质与蛋白质组学实验指南 / (澳) 理查德·J.辛普森(Richard J. Simpson)主编 ; 何大澄主译.——北京 : 化学工业出版社, 2006. – (58.17421057/0084) |
Contents
目 录<br>
第l章 蛋白质组学导论 1
1．1 蛋白质组学定义 3
1．2 为何除基因组学外还要有蛋白质组学 5
1．3 蛋白质的鉴定和分析 10
1．4 差异显示蛋白质组学(比较蛋白质组学) 17
1．5 翻译后修饰 19
1．6 蛋白质微阵列 23
1．7 捕获分子和靶分子 24
第2章 单向聚丙烯酰胺凝胶电泳 35
2．1 聚丙烯酰胺凝胶电泳的基本原理 38
2．2 SDS用于变性的聚丙烯酰胺凝胶 42
2．3 乙酸一尿素PAGE根据蛋白质的大小和电荷分离蛋白质 45
2．4 三羟甲基甘氨酸SDS-PAGE分离小分子多肽 45
2．5 非变性PAGE(自然凝胶电泳)分离天然蛋白和蛋白复合体 45
第3章 细胞和，-117细胞提取物的制备 83
3．1 通过机械或化学方法破碎组织及细胞 85
3．2 通过变性和复性从包含体中回收重组蛋白 88
3．3 富含目的蛋白的亚细胞提取物的制备 90
第4章 固相化pH梯度双向凝胶电泳 131
4．1 双向凝胶电泳样品的制备 134
4．2 第一向：固相pH梯度等电聚焦电泳 138
4．3 第二向：根据分子量分离蛋白质 139
4．4 双向凝胶的染色 141
4．5 双向凝胶中蛋白质的转移 144
4．6 双向凝胶图像的获取和分析 145
第5章 反相高效液相色谱 203
5．1 RP-HPLC基于疏水相互作用分离分子 204
5．2 RP-HPLC标准色谱条件 205
5．3 微柱反相色谱——适合蛋白质组学的研究方法 213
第6章 蛋白质氨基端及羧基端序列分析 265
6．1 Edman降解法对多肽进行氨基端测序 267
6．2 限制序列分析速度的几个环节 275
6．3 应用HPLC和PAGE制备微量测序样品 279
6．4 不能进行测序的蛋白质需去封闭 282
6．5 磷酸化位点的微量测序分析有助于绘制信号途径 283
6．6 固相测序仪是回收磷酸化氨基酸的最好方法 283
6．7 其他氨基端反应法 284
6．8 羧基端测序方法存在的问题 284
6．9 自动化羧基端测序 285
6．10 高灵敏度高效率的羧基端分析 285
6．1l 氨基端和羧基端序列组合分析 289
第7章 电泳分离的蛋白质肽谱和序列分析 315
7．1 制备肽谱的微量方法和大规模方法 318
7．2 消除蛋白质分子内部的共价交联以提高肽谱质量 319
7．3 酶法和化学法裂解多肽链 323
7．4 基于SDS—PAGE的肽谱制备方法(Cleveland法) 333
7．5 肽谱用于确定蛋白质中的二硫键 334
7．6 应用RP-HPLC制备肽谱 335
第8章 质谱在蛋白质组学中的应用 391
8．1 基本原理 393
8．2 现代离子化方法：离子如何形成 400
8．3 串联质谱仪 405
8．4 串联质谱仪的质量分析器结构 407
8．5 质谱与蛋白质分离方法联用进行蛋白质混合物的分离和分析 412
8．6 体内及体外标记方法：质谱用于定量和表达蛋白质组学 426
8．7 利用MS数据鉴定蛋白质的搜索引擎 427
8．8 总结 436
第9章 用蛋白质组学方法绘制磷酸化位点图谱 543
9．1 完整磷酸化蛋白的检测和分析 547
9．2 通过蛋白质的裂解获得磷酸化蛋白多肽 549
9．3 用MS或MS／MS来确定磷酸化蛋白的特性 549
9．4 用MS／MS对磷酸化多肽进行测序 563
9．5 对磷酸化蛋白特征进行分析的多维策略 563
9．6 用于磷酸化多肽序列分析的MS和MS／MS技术的出现 564
9．7 总结 565
第l0章 蛋白质复合体性质的研究 607
10．1 mRNA的选择性剪接对蛋白质产物活性的特定影响 609
10．2 用相互作用组描述生理复合体 609
10．3 利用酵母双杂交分析与蛋白质组学方法研究蛋白质问相互作用 611
10．4 用亲和捕获技术分析蛋白质相互作用 612
10．5 了解多蛋白质复合体的结构 618
10．6 FRET分析体内蛋白质相互作用 623
lO．7 通过测定结合常数来分析蛋白质问相互作用 626
10．8 蛋白质微阵列促进大规模的蛋白质研究 627
第ll章 蛋白质组学实验结果的诠释：利用生物信息学发现蛋白质的结构、及其相互作用 723
11．1 基因及其同源体的识别 725
11．2 预测蛋白质的结构和功能 736
11．3 蛋白质在通路中的定位和蛋白质细胞功能的识别功能 743
