深度测序数据的生物信息学分析及实例 / 沈百荣主编. -- 北京 : 科学出版社, 2017. – (58.17115/3414)

Contents

前言

1深度测序技术与生物信息学

  1．1深度测序的常用平台

  1．2深度测序技术对生物医学研究和社会的影响

  1．3深度测序数据处理的挑战

  1．4常见的软件和分析平台介绍

  参考文献

2深度测序相关数据库和数据格式

2．1深度测序相关的数据库

2．2深度测序相关的数据格式

2．3格式转换

  参考文献

3碱基识别

  3．1深度测序碱基识别简介

  3．2 Illumina平台碱基识别软件

  参考文献

4基因组序列比对

  4．1短序列片段比对软件的发展

  4．2深度测序片段比对软件的比较

  4．3深度测序片段比对软件实例演示

  4．4展望

  参考文献

5 小片段序列组装

  5．1问题阐述：小片段序列组装

  5．2组装策略：如何将小片段组装成重叠群

  5．3算法评价：如何选取一个合适的组装软件

  5．4程序示例：如何执行一个片段组装过程

  5．5总结和展望：组装算法何去何从

  参考文献

6染色质免疫共沉淀测序数据分析

  6．1 ChIP-Seq简介

  6. 2 ChIP-Seq数据计算分析

  6．3 Peak Calling算法比较

  6．4 ChIP-Seq数据分析应用实例

  6．5 ChIP-Seq软件的改进和发展方向

  参考文献

7转录组测序数据分析

  7．1 RNA-Seq简介

  7．2 RNA-Seq技术的应用

  7．3 RNA-Seq数据处理与软件

7．4软件安装与使用

  7．5展望

  参考文献

8 microRNA-Seq数据分析

  8．1 microRNA简介

  8．2深度测序与microRNA-Seq技术

8．3 microRNA-Seq数据分析软件

  8．4软件性能比较

  参考文献

9变异检测

  9．1引言

  9．2基因组多态性

  9．3变异的类型及其检测

  9．4变异检测软件实例

  9．5 展望

  参考文献

10单细胞测序数据分析

  10．1单细胞测序技术的简要发展历程

  10．2单细胞测序的技术实现及主要分类

  10．3单细胞测序的技术应用

  10．4单细胞测序技术的数据分析实例

  10．5单细胞测序技术的未来发展趋势

  参考文献

11深度测序的数据可视化软件

  11．1数据可视化技术的生物问题和应用背景

  11．2数据可视化相关软件介绍和比较

11．3软件示例

参考文献