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新书资源（2012年12月）

真核生物转录调控 : 概念、策略与技术 / (美)M.F.凯里，(美)C.L.彼得森，(美)S.T.斯梅尔著 ; 王进科主译. —— 北京 : 科学出版社, 2012. – (58.1481/2760.1)

Contents

目录 
 译者序
 前言
 概述
 缩略词 1哺乳动物细胞转录调控入门1
 引言和概述l
 全基因组方法小结3
 染色质和通用转录机器5
 染色质结构和组织b
 染色质修饰 染色质重塑 通用转录机器
 调控区的组织
 基础转录复合物的组装和起始 调解因子
 TFIID和TAF
 活化和抑制 基因活化
 转录起始期间的染色质修饰和重塑 通用机器募集的一种模式 聚合酶II延伸的初始阶段 聚合酶II在基因内遭遇核小体 转录的沉默或抑制
 结语45
 参考文献46
 2初始策略性问题55
 引言和概述55
 实验策略56
 新转录因子的表征方法
 分析新基因的调控
 专题2．1核连缀转录分析
 考虑达到明确目标所需的时间投入和资源
 确定项目目标
 评估分析的可行性 启动对新基因的综合转录调控分析 技术 方案2．1核连缀分析
 参考文献 3转录起始位点的定位 引言和概述 实验策略
 初步考虑
 快速扩增cDNA末端(RACE)
 专题3．1帽子依赖性RACE程序
 引物延伸
 专题3．2引物延伸
 RNase保护法 专题3．3 RNase保护
 S1核酸酶分析 专题3．4核酸酶保护 专题3．5内含子对起始位点定位结果解释的影响 技术 方案3．1引物延伸分析
 方案3．2 RNase保护分析
 参考文献 4启动子分析的功能性分析方法 引言和概述 实验策略
 选择分析方法：各种分析方法的优缺点 瞬时转染分析
 专题4．1常用的转染方法 专题4．2萤光素酶报告基因分析
 专题4．3 CAT报告基因分析
 专题4．4 LacZ、SEAP和GFP报告基因分析法 专题4．5瞬时转染细胞的分离 通过染色体整合的稳定转染分析
 专题4．6有复制能力的载体
 技术147
 哺乳动物细胞的常用转染方法 方案4．1 3T3成纤维细胞的磷酸钙转染 方案4．2淋巴细胞系的DEAE-葡聚糖转染 方案4．3 RAW264．7巨噬细胞的电穿孔转染
 方案4．1～4．3的附加说明 方案4．4萤光素酶分析
 方案4．5氯霉素乙酰转移酶分析
 方案4．6 f}_半乳糖苷酶分析 参考文献 5远程控制区的鉴定和分析 引言和概述 专题5．1 DNase I高敏感性分析 实验策略
 DNase I高敏感性 基质附着区的鉴定
 专题5．2鉴定MAR的方法 鉴定远程控制区的功能性方法 表征远程控制区的功能性分析方法 参考文献 6鉴定控制区内的顺式作用DNA元件
 引言和概述 实验策略
 通过综合性突变体分析鉴定控制元件
 综合性分析的策略
 来自综合性突变体分析与系统发生分析比较的深刻见解
 参考文献 7鉴定DNA结合蛋白及其基因
 引言和概述 鉴定DNA结合蛋白的实验策略 数据库方法 用于粗制细胞裂解物的蛋白质—DNA相互作用分析方法的发展 专题7．1假设EMSA结果
 克隆和鉴定编码DNA结合蛋白基因的实验策略 专题7．2通过蛋白质纯化克隆 通过蛋白质纯化和肽序列分析进行克隆 其他克隆方法
 参考文献 8确认蛋白质-DNA相互作用的功能相关性 引言和概述 实验策略
 染色质免疫沉淀
 通过基因破坏或RNA干扰的功能缺失研究 体外蛋白质—DNA复合物的丰度
 DNA结合蛋白和靶基因的相对表达模式 蛋白质结合所需核苷酸和调控元件活性所需核苷酸之间的相关性 DNA结合蛋白的过量表达对报告基因或内源基因的反式激活 与相邻控制元件结合的蛋白质问的协作结合和协同效应
 基因组足迹模式和体外足迹模式的比较 蛋白质DNA相互作用的相对亲和力
 显性失活突变体
 体外转录策略
 改变特异性实验 参考文献 9内源性控制区的体内分析 引言和概述 实验策略
 染色质免疫沉淀
 DNase I和DMS基因组足迹 专题9．1连接介导PCR
 高锰酸钾基因组足迹 核小体存在和定位的Southern印迹分析
 专题9. 2通过MNase-Southern印迹分析进行核小体定位的低分辨率分析
 监测核小体存在和定位的LM-PCR、PCR及ChIP策略
 用于分析核小体重塑的体内方法的概述 DNase I高敏感性监测核小体重塑
 用于监测核小体重塑的MNase方法
 限制性内切核酸酶可及性分析 专题9．3限制性内切核酸酶可及性LM-PCR分析
 染色质构象捕获 DNA甲基化 技术 方案9. 1 MNase-Southern印迹分析
 方案9．2 LM-PCR方法
 方案9. 3染色质免疫沉淀
 参考文献 10鉴定和表征转录调控因子的结构域 引言和概述 实验策略：定义结构域
 功能结构域的鉴定
 专题10．1结构域的计算分析
 基本突变原理
 专题10．2表达系统
 专题10．3标签识别与检测的通用方法
 序列特异性调控因子的结构域 分离序列特异性调控因子的DNA结合和激活／抑制结构域 专题10．4 VPl6激活结构域：个案研究 专题10．5 GAL4：个案研究 专题10．6 KRAB抑制结构域：个案研究
 细分DNA识别亚结构域和寡聚化亚结构域
 概念和策略：蛋白质—蛋白质相互作用
 共激活因子和共抑制因子的分离及克隆 研究激活结构域与共激活因子相互作用的方法
 通过亲和层析研究激活／抑制结构域与其靶标之间的相互作用
 改变特异性遗传系统 通用转录机器的结构—功能分析 共激活因子的分析
 技术 方案10．1 PCR介导的定点突变 参考文献 11 DNA的调控性转录因子结合 引言和概述 实验策略
 DNA-蛋白质相互作用的一般理论和实例
 专题11．1 Kd情况的例子 DNA-蛋白质相互作用的分析及建模 专题11．2 SAAB分析
 专题11．3 DNase I足迹和外切核酸酶足迹
 专题11．4用于小沟相互作用的化学探针 启动子特异性多组分核蛋白复合物的分析 技术 方案11．1 DNase I足迹
 方案11．2羟自由基足迹
 方案11．3磷酸乙基化干扰分析 方案11．4甲基化干扰分析 方案11．5电泳迁移率变动分析 方案11．6 P末端标记DNA片段的准备 参考文献 12体外转录和起始前复合物组装 引言和概述 实验策略
 提取物的制备
 转录分析
 专题12．1测定体外转录的方法 分级分离的系统 专题12．2纯化的转录因子 基本起始前复合物的形成 开放复合物的形成、起始和启动子逃脱
 活化复合物在启动子上的组装 技术 核提取物制备：概述 方案12．1 Dignam和Roeder核提取物
 方案12．2使用HeLa细胞提取物和引物延伸的体外转录 方案12．3使用HeLa细胞核提取物的无G序列盒体外转录 共激活因子的纯化(方案12．4和方案12．5)
 方案12．4表位标记TFIID的纯化 方案12．5从表达FLAG标记调解因子亚基的HeLa细胞系中纯化调解因子
 方案12．6固定化模板分析 方案12．7 Pol II开放复合物的高锰酸钾探测 方案12．8 DNA结合TFIID的镁—琼脂糖EMSA
 参考文献 13体外研究染色质动力学：染色质组装、重塑和转录
 引言和概述 实验策略
 用于组装染色质的策略
 专题13．1 DNA模板和重建方法对阵列内核小体定位的影响 组蛋白来源 染色质重建的生化表征
 专题13．2核小体阵列的MNase分析
 专题13．3核小体阵列的EcoRI酶切分析
 体外测验组蛋白修饰作用策略 染色质重塑／修饰酶的分析
 以染色质模板进行体外转录
 技术 方案13．1鸡红细胞组蛋白八聚体制备
 方案13．2核小体的盐梯度透析重建
 方案13．3利用重组的果蝇ACF和NAP1重建核小体阵列 参考文献 附录：注意事项 索引