基因组学 : 核心实验方法 / (英)Mike Starkey, (英)Ramnath Elaswarapu著 ; 于军主译.——北京 : 科学出版社, 2012. – (58.1481057/4244)

Contents

    目 录<br>    
    《新生物学丛书》丛书序
    译者前言
    1基因拷贝数量变化的高精度分析1
     1．1简介1
     1．2方法和途径2
     1．2．1寡核苷酸比较基因组杂交(aCGH)芯片2
     1．2．2单核苷酸多态性比较基因组杂交(aCGH)芯片13
     1．2．3多重连接探针扩增17
     1．3疑难解答25
     参考文献26
    2遗传图谱中的多态性标记识别29
     2．1简介29
     2．2方法和途径30
     2．2．1基因变异的知识库30
     2．2．2基因变异的靶向重测序3l
     2．3疑难解答40
     2．3．1引物设计40
     2．3．2 PCR扩增 41
     2．3．3二进制文件的使用41
     2．3．4 Phred／Phrap软件41
     参考文献41
    3基于SNP芯片的基因分型和杂合性缺失分析44
     3．1简介44
     3．2方法和途径44
     3．2．1芯片44
     3．2．2基因分型45
     3．2．3连锁关联分析45
     3．2．4甲醛固定石蜡包埋组织46
     3．2．5杂合性缺失52
     3．3疑难解答56
     参考文献57
    4复杂性状的基因定位60
     4．1简介60
     4．2方法和途径6l
     4．2．1关联分析方法：随机样本61
     4．2．2关联方法：基于家系样本72
     4．2．3连锁分析：使用LOD值作为参数的分析方法73
     4．2．4连锁分析：非参数方法74
     4．2．5总结75
     4．3疑难解答75
     4．3．1合并数据集75
     参考文献76
    5针对单细胞敏感性的RNA扩增技术82
     5．1简介82
     5．1．1 RNA扩增的目的82
     5．1．2扩增的方法84
     5．2方法和途径89
     5．2．1 T7RNA聚合酶的体外转录89
     5．2．2全局RT-PCR
     5．3疑难解答103
     参考文献104
    6表达谱分析的实时定量聚合酶链反应技术107
     6．1简介107
     6．2方法和途径108
     6．2．1样本筛选108
     6．2．2提取RNA 109
     6．2．3临床样本和环境样本112
     6．2．4逆转录114
     6．2．5 SYBR Green I染料检测的荧光定量PCR
     6．2．6寡核苷酸探针标记的定量PCR
     6．2．7定量方法124
     6．2．8实时定量PCR的标准化127
     6．3疑难解答127
     6．3．1未扩增、扩增量少、扩增起步晚127
     6．3．2缺少模板组或阴性对照组130
     6．3．3无逆转录酶对照组130
     6．3．4形成引物二聚体131
     6．3．5 SYBR Green I溶解曲线出现多峰131
     6．3．6在样本重复实验3次，至少5倍对数稀释情况下，相关系数d0．98，其标准曲线不可信13l
     6. 3. 7不稳定的扩增曲线图或大幅度的井间变化131
     参考文献139
     7哺乳动物细胞中的基因表达137
     7．1简介137
     7. 1．1人工染色体和转基因技术138
     7．1．2基因转移和表达 139
     7. 1．3位置效应和核染色质139
     7．1．4组织特异性调控元件139
     7．1．5持续表达和染色质绝缘体139
     7．2方法和途径140
     7．2．1 哺乳动物细胞的位点特异性染色体重组140
     7．2．2质粒要求142
     7．2．3染色体转移144
     7．3疑难解答149
     参考文献149
     8酵母双杂交在分析大量蛋白质相互作用中的应用152
     8．1概述154
     8．2方法和途径154
     8. 2．1建立大量“诱饵”或“猎物”蛋白克隆154
     8．2．2生成兼容性重组插入用于缺口修复克隆156
     8．2．3缺口修复反应157
     8. 2．4阳性转化株鉴定 159
     8. 2．5酵母菌落PCR
     8．2．6“诱饵”与“猎物”克隆自激活检测 16l
     8．2．7靶向矩阵法Y2H筛选162
     8．3疑难解答166
     参考文献166
    9蛋白质功能预测168
     9. 1 引言168
     9．2方法和途径168
     9. 2. 1注释策略169
     9．2．2多个蛋白质识别系统的应用171
     9．2．3序列同源性172
     9．2．4系统发生关系175
     9．2．5序列衍生的功能和化学性质177
     9. 2．6蛋白质—蛋白质相互作用图谱178
     9．3故障排查180
    参考文献181
    10通过基因工程小鼠阐释基因功能186
     10．1 引言186
     10．2方法和途径187
     10．2．1小鼠目标基因剔除原理 187
     10．2．2小鼠基因打靶策略189
     10．2．3通过重组工程从BAC中获得DNA
     10．2．4胚胎干细胞和胚胎成纤维细胞培养195
     10．2．5嵌合体配对和下游的应用215
     10．3疑难解答216
     参考文献217
    11基因转移的载体系统220
     11．1引言220
     11．2方法和途径220
     11．2．1理想的基因治疗载体220
     11．2．2质粒设计222
     11．2．3病毒载体222
     11．2．4非病毒DNA载体 232
     11．2．5鉴定非病毒载体的物理性质235
     11．2．6优化体外基因传递236
     11．2．7优化方案239
     11．2．8报告基因和分析240
     11．2．9细胞毒性分析240
     11．2．10非病毒载体的未来发展240
     11．3疑难解答241
     11．3．1一般问题241
     参考文献242
    12基因治疗策略：构建AAV特洛伊木马249
     12．1简介249
     12．1．1基因治疗的常规策略：基本方法 249
     12．1．2基因治疗策略：基因转染细胞253
     12．1．3病毒载体254
     12．1．4重组AAV病毒的生产、纯化和滴度检测256
     12．2方法和途径257
     12．3疑难解答267
     参考文献267
    13蛋白质组学技术简介270
     13．1简介270
     13．2方法和途径271
     13．2．1基于凝胶的策略271
     13．2．2 LC／MS策略 274
     13．2．3基质辅助激光解吸电离(MAI脚)成像和概览 276
     13．3故障诊断277
     13．3．1若干分解出来的特征和修饰277
     13．3．2样品消耗、蛋白质识别及覆盖深度278
     13．3．3统计强度279
     13．3．4结论279
     参考文献280
    索引284
    彩版