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新书资源（2010年9月）

DNA和蛋白质序列数据分析工具 = Tools for analysis of DNA and protein sequence data / 薛庆中 ... [等] 编著. —— 2版. —— 北京 : 科学出版社, 2010. – (58.174252/4405/2版)

Contents

目录 
 第二版前言
 第一版前言
 第1章序列比对工具BLAST和ClustaIX的使用 1．1 序列比对BLAST
 1．1．1 Basic BLAST
 1．1．2网上blastx比对
 1．1．3网上PSI-Blast比对
 1．1．4 Specialized BLAST
 1．1．5网上Blast2比对
 1．2 本地运行BLAST(windows系统)
 1．2．1 BLAST程序下载
 1．2．2 BLAST程序安装
 1．2．3进入DOS命令行提示符状态 1．2．4搜索数据库的格式化 1．2．5 BLAST搜索程序运行
 1．2．6本地化BLAST搜索结果查看
 1．3 多序列比对(ClustaIX)
 1．3．1 ClustaIX的使用 1．3．2数据的输入 1．3．3数据的输出 主要参考文献 第2章真核生物基因结构的预测 2．1基因可读框的识别
 2．2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测
 2．2．1 CpG岛的预测
 2．2．2转录终止信号的预测 2．2．3启动子区域的预测
 2. 3基因密码子偏好性计算：CodonW的使用 2. 4采用mRNA序列预测基因：spidey的使用 2．5 ASTD数据库简介 主要参考文献 第3章电子克隆38
 3．1利用UniGene数据库进行电子延伸38
 3．1．1目标序列的检索39
 3．1．2 UniGene数据库检索40
 3．2从数据库中获取cDNA全长序列43
 3. 3本地序列拼接44
 3．3．1 CAP3序列拼接程序45
 3．3．2 Velvet序列拼接程序47
 3．4基因的电子表达谱分析52
 3．5核酸序列的电子基因定位分析54
 主要参考文献57
 第4章分子进化遗传分析工具(MEGA 4)的使用58
 4．1序列数据的获取和比对58
 4．1．1数据库直接检索59
 4．1．2多序列比对60
 4．2进化距离的估计62
 4．3分子钟假说的检验64
 4．4系统进化树构建66
 4．4．1系统进化树构建方法选择66
 4．4．2进化树的树形选择68
 4．4．3进化树的拓扑结构调整70
 4．4．4进化树树枝形态的优化7l
 4．4．5进化树的保存73
 主要参考文献74
 第5章蛋白质结构与功能预测75
 5．1蛋白质一级结构分析76
 5．1．1 ProtParam：蛋白质序列理化参数检索76
 5．1．2 ProtScale：蛋白质亲疏水性分析78
 5．1．3 COILS：卷曲螺旋预测81
 5．2蛋白质二级结构预测83
 5．2．1 PredictProtein：蛋白质结构预测83
 5．2．2 PSIPRED：不同蛋白质结构预测方法87
 5. 3 InterProScan：模式和序列谱研究88
 5．3．1 InterProScan简介88
 5．3．2 PROSITE：蛋白质结构域、家族和功能位点数据库91
 5．3．3 Pfam：蛋白质家族比对和HMM数据库95
 5．3．4 BLOCKS：模块搜索数据库97
 5．3．5 SMART．简单模块构架搜索工具98
 5．3．6 TMHMM：跨膜区结构预测服务器100
 5．4蛋白质三级结构预测101
 5．4．1 Swiss-Model Workspace：同源建模的网络综合服务器102
 5．4．2 Phyre(successorof3D-PSSM)：线串法预测蛋白质折叠104
 5．4．3 HMMSTR／Rosetta：从头预测蛋白质结构106
 5．4．4 Swiss-PdbViewer：分子建模和可视化工具106
 主要参考文献 109
 第6章序列模体的识别和解析110
 6．1 MEME程序包110
 6．2通过MEME识别DNA或蛋白质序列组中模体111
 6. 3通过MAST搜索序列中的已知模体114
 6．4通过GLAM2识别有空位的模体117
 6．5通过GLAM2scAN搜索序列中的已知模体120
 6．6应用TOMTOM与数据库中的已知模体进行搜索比对122
 6．7应用GOMO鉴定模体的功能123
 主要参考文献124
 第7章蛋白质谱数据分析125
 7．1 生物质谱技术介绍125
 7．1．1质谱技术的基本原理125
 7．1．2 X!Tandem软件129
 7．1．3 Mascot软件135
 7．1．4 Sequest软件139
 7．2蛋白质组学数据统计分析软件142
 7．2．1 TPP简介142
 7．2．2 TPP的安装与配置143
 7．2．3样本数据准备144
 7．2．4将RAW文件转换成mzXML文件145
 7．2．5由out数据文件夹生成pepXML文件147
 7．2．6运行PeptideProphet 151
 7．2．7 PeptideProphet处理后的结果分析154
 7．2．8运行ProteinProphet 154
 7．2．9数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件 158
 主要参考文献 第8章基因芯片数据处理和分析 8．1芯片数据的获取和处理
 8．1．1 Express Converter
 8．1．2 MIDAS
 8．2芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选 8．2．1 MeV
 8．2．2 Cluster
 8．2．3 TreeView
 8．3芯片数据的可视化
 8．3．1 GenMAPP的概念 8．3．2 GenMAPP的安装 8．3．3 GenMAPP的使用 8. 4芯片数据的检索和提交
 8．4．1 GEO检索 8．4．2 Platform信息
 8．4．3 Series信息
 8．4．4 Samples信息
 8．4．5芯片数据的提交 主要参考文献 第9章应用GO注释基因功能和通过KEGG分析代谢途径
 9．1 Gene Ontology数据库 9．1．1简介 9．1．2用关键词检索GO数据库 9．1．3用序列检索GO数据库 9．2 KEGG数据库 9．2．1简介 9．2．2根据代谢途径名称检索 9．2．3根据基因名称检索 9．2．4根据序列检索 9．2．5利用KAAS工具作批量注释 9．2．6基因芯片数据的代谢途径分析
 主要参考文献 第1O章系统生物学网络结构分析 10．1 Cytoscape软件简介 10．1．1概况208
 10．1．2主要功能208
 10．2软件安装209
 10．3 Cytoscape基本操作209
 10．3．1信息输入209
 10．3．2插件安装215
 10．4应用Cytoscape进行基因注释215
 10．4．1 BINGO插件的安装215
 10．4．2使用实例215
 10．5应用Cytoscape进行亚细胞定位218
 10．5．1 Cerebral插件的安装218
 10．5．2使用实例218
 10．6应用Cytoscape搜索基因相互作用文献222
 10．6．1 Agilent Literature Search插件安装222
 10．6．2使用实例222
 10．7应用Cytoscape做网络分析225
 10．7．1将BOND网络数据库的信息输入Cytoscape 225
 10．7．2网络分析227
 10．8应用插件Cytoprophet预测潜在蛋白和结构域的相互作用230
 10．8．1 Cytoprophet插件的安装 230
 10．8．2使用实例230
 主要参考文献234
 第11章使用Bioperl模块作数据分析235
 11．1 概述 235
 11．2 Bioperl安装 236
 11．2．1 Bioperl的组成 236
 11．2．2 Unix／Linux系统下Bioperl的安装步骤 236
 11．2．3 Windows系统下Bioperl的安装 236
 11.3 Bioperl重要模块简介和脚本实例 236
 11．3．1实现文件格式转换脚本(实例1)236
 11．3．2实现DNA序列的翻译脚本(实例2) 237
 11．3．3计算序列长度脚本(实例3)238
 11．3．4 GenBank文件解析脚本(实例4)239
 11．3．5图形化显示序列特征脚本(实例5)240
 11．3．6从公共数据库获取序列脚本(实例6)242
 11．3．7应用AlignIO模块实现文件格式转换脚本(实例7)242
 11．3．8计算比对序列JukesCantor距离脚本(实例8)243
 11．3．9计算同义替换率(D_s)和非同义替换率(D_n)脚本(实例9)244
 11．3．10 Bioperl调用Clustalw脚本实例(实例10)244
 主要参考文献245
 第12章 Windows环境下Bioperl程序包的安装246
 12．1 Vista下Perl语言环境的安装246
 12．1．1下载Perl文件246
 12．1．2 Perl安装文件246
 12．2 Bioperl的安装247
 12．2．1启动Perl Package Manager 247
 12．2．2丰富Bioperl资源库247
 12．2．3安装Bioperl核心包和工具盒249
 12．3局域网通过代理服务器用户的安装250
 12．4在Windows XP系统下安装252
 12．4．1下载Perl文件252
 12．4．2安装Bioperl 252
 12．4．3局域网通过代理服务器用户的安装252
 12．5 从CPAN安装Perl文件252
 12．5．1调试Bioperl程序252
 12．5．2个别下载Bioperl模块文件254
 12．5．3个别安装Perl模块Bio：：Graphics 254
 12．5．4调试Bio：：Graphics模块254
 12．6安装多序列比对程序Clustalw模块256
 12．6．1下载并安装Clustalw程序256
 12．6．2设置系统环境变量258
 12．6．3测试Bioperl与Clustalw之间的接口259
 主要参考文献261
 英汉对照词汇262
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