质粒生物学 / (加)B. E.芬内尔(Barbara E. Funnell), (美)G. J.菲利普斯(Gregory J. Phillips)编 ; 陈惠鹏，张惟材 [等] 译.——北京:化学工业出版社,2009. – (58.212/4442)

Contents

    目 录<br>    
    第1章 质粒简介：质粒研究史1
     1．1遗传学时代2
     1．2环状质粒DNA 4
     1．3质粒作为分子克隆载体：大胆的创新5
     1．4质粒的自我复制过程7
     1．5质粒的迁移性9
     1．6质粒的稳定性12
     1．7结论14
     参考文献15
    第1篇 质粒的复制系统<br>    第2章 参与含有重复子质粒复制的元件21
     2．1复制起始的基本元件22
     2．2 rep基因的表达和Rep蛋白的结构24
     2．3调控模型26
     2．4非重复子的Rep结合、辅助因子和它们的作用30
     2．5 ori激活的分子机制31
     2．6质粒在细胞内的定位34
     2．7结论：质粒DNA和在广范围环境中的复制34
     参考文献35
    第3章 反义RNA对质粒复制的调控作用 43
     3．1反义RNA介导的转录衰减：inc18和pTl81家族 44
     3．2翻译水平的抑制49
     3．3抑制引物的形成：ColE1复制子52
     3．4抑制假结的形成：如IncIα／IncB 54
     参考文献56
    第4章 滚环复制60
     4．1滚环复制质粒的结构60
     4．2前导链复制的起始与终止61
     4．3质粒sso在后随链复制中的作用66
     4．4宿主蛋白在质粒滚环复制中的作用71
     4．5展望72
     参考文献72
    第2篇 质粒的维持和遗传
    第5章 细菌质粒的分配系统77
     5．1普通的分配系统77
     5．2质粒的细胞内定位78
     5．3质粒分配系统的类型79
     5．4 P1和F质粒84
     5．5 RK2质粒91
     5．6 pTAR和TP228质粒92
     5．7 RepABC系统93
     5．8 R1质粒94
     5．9其他分配系统95
     5．10 pSCl01 95
     5．11具有多种分配系统的质粒96
     5．12高拷贝数质粒96
     5．13模型和问题96
     参考文献97
    第6章 遗传偏嗜性：基因在基因组中的共生原则102
     6．1遗传偏嗜性的发现103
     6．2遗传偏嗜性的类型105
     6．3基因组学和遗传偏嗜性系统的发展109
     6．4细胞杀死的机理116
     6．5基因表达的调节120
     6．6偏嗜性系统之间的相互作用124
     6．7为什么会存在偏嗜性基因?128
     6．8基因组与偏嗜性基因协同进化131
     6．9其他遗传过程的推测132
     6．10应用135
     6．11结论137
     参考文献137
    第7章 DNA位点特异性分离系统145
     7．1一切发生错误之时：DNA多聚体的形成和发生率146
     7．2 DNA位点特异性重组：染色体和质粒的分离148
     7．3丝氨酸重组酶家族的位点特异性分离系统149
     7．4酪氨酸重组酶家族的质粒和染色体分离系统154
     7．5重组机制详述159
     7．6结论170
     参考文献171
    第8章 质粒DNA的拓扑行为179
     8．1环状DNA拓扑学179
     8．2 DNA拓扑酶184
     8．3动力拓扑学平衡185
     8．4超螺旋敏感DNA结构186
     8．5体内限制与非限制的质粒拓扑学187
     8．6大肠杆菌内由蛋白质限制的拓扑学188
     8．7体内限制性和非限制性超螺旋变化191
     8．8 DNA复制：可逆的复制叉、前环连体和结193
     8．9结论196
     参考文献196
    第9章 革兰阴性菌接合转移201
     9．1质粒分类202
     9．2染色体诱动203
     9．3革兰阴性菌中的接合转移概述204
     9．4接合转移生理学205
     9．5菌毛的结构和装配206
     9．6菌毛收缩和噬菌体感染208
     9．7接合转移孔的结构209
     9．8交配配对的形成212
     9．9进入排斥或表面排斥213
     9．10 DNA的加工和转运213
     9．11启动转移的“信号”的本质216
     9．12可诱动质粒216
     9．13受体细胞中质粒的建立217
     9．14转移基因表达的调控218
     9．15 F转移基因的调控218
     9．16 RP4转移区的调节219
     9．17结论220
     参考文献221
    第10章 革兰阳性菌的接合227
     10．1不同种属的质粒系统228
     10．2接合型转座子242
     10．3转移起点和松弛酶
     10．4结论
     参考文献<br>    第3篇 特殊的质粒系统<br>    第11章 泛宿主性质粒在革兰阴性杆菌中的复制策略<br>     11．1复制体的组装
     11．2 Rep蛋白和复制起始序列的通用性特征：IncP质粒家族
     11．3宿主范围受控于装配复制体所需要的编码蛋白：IncQ家族
     11．4自然发生的多复制子质粒<br>     11．5泛宿主性质粒的其他特征
     11．6通过对窄宿主性复制子的研究分析宿主范围决定子
     11．7结论
     参考文献<br>    第12章 根瘤菌科细菌的共生质粒274
     12．1引言：结瘤和固氮274
     12．2质粒和岛：根瘤菌科细菌共生基因的定位276
     12．3共生质粒基因组成概况277
     12．4 pSym质粒的复制和分配特征281
     12．5接合转移283
     12．6 pSym的动力学及其进化287
     12．7展望289
     12．8补遗290
     参考文献291
    第13章 细菌中的线性质粒：相同的起源，不同的命运296
     13．1线性质粒和染色体的系统发生学分布296
     13．2线性质粒的组成298
     13．3细菌中线性质粒的结构298
     13．4线性质粒的复制301
     13．5线性质粒的分离系统304
     13．6展望304
     参考文献304
    第14章 酿酒酵母的2pm质粒307
     14．1自身携带和作为一般实验工具的酵母质粒308
     14．2酵母质粒的高拷贝数和稳定遗传308
     14．3质粒分配系统的分析309
     14．4 2μm质粒分离模型313
     14．5 2μm质粒的拷贝数控制315
     14．6 Flp重组机制316
     14．7 Flp的应用319
     14．8 2μm质粒分子自私性的环状设计：进化考虑320
     14．9 2μm质粒与衰老、寿命和程序化细胞死亡的关系321
     14．10展望与前景321
     14．11结论323
     14．12补遗324
     参考文献325
    第15章 哺乳动物细胞内的病毒性质粒329
     15．1 EB病毒329
     15．2乳头瘤病毒337
     15．3结论340
     参考文献340
    第16章 降解质粒34b
     16．1 TOL质粒349
     16．2编码途径与TOL相关的质粒352
     16．3携带氯苯邻二酚ortho-裂解途径基因的质粒355
     16．4洋葱伯克霍尔德菌ACll00的复制子359
     16．5携带外周途径基因质粒的特征361
     16．6降解质粒的进化363
     16．7结论369
     参考文献369
    第17章 古细菌质粒381
    第4篇 有毒力和抗生素抗性的质粒
    第18章 毒力质粒的基因组规模分析：质粒上的毒力基因对于肠细菌致病性的作用400
     18．1肠杆菌质粒的一般特性403
     18．2大质粒的序列分析407
     18．3质粒的维持功能：复制、分配和分离后杀死408
     18．4质粒编码的毒力基因410
     参考文献414
    第19章 芽孢形成菌的毒性质粒419
     19．1破伤风梭状芽孢杆菌和肉毒梭状芽孢杆菌的神经毒素质粒419
     19．2产气荚膜梭状芽孢杆菌的毒素质粒421
     19．3炭疽杆菌的毒素和荚膜质粒423
     19．4苏云金芽孢杆菌的杀虫毒素质粒425
     19．5结论426
     参考文献426
    第20章 耶尔森菌的毒力质粒：特性和比较430
     20．1耶尔森菌的质粒和毒力431
     20．2 LCR质粒432
     20．3鼠毒素质粒438
     20．4鼠疫菌素质粒442
     20．5抗性转移因子442
     20．6 pYC隐蔽型质粒443
     20．7结论444
     参考文献444
    第21章 不产芽孢的革兰阳性病原菌的毒力质粒447
     21．1金黄色葡萄球菌的毒力质粒448
     21．2粪肠球菌的毒力质粒450
     21．3红球菌的毒力质粒456
     21．4结论457
     参考文献457
    第22章 根瘤农杆菌Ti质粒463
     22．1 Ti质粒的序列463
     22．2转移DNA 464
     22．3 vir区域466
     22．4 VirA-VirG双组分调控系统466
     22．5界问转位过程中效应分子的加工467
     22．6 VirB／VirD4 Ⅳ型分泌系统469
     22．7底物转移和菌毛合成的中心结构473
     22．8 Ti质粒的接合475
     22．9冠瘿碱的摄取及代谢476
     22．10自诱导／细胞密度感应476
     22．1l Ti质粒的复制477
     22．12 Ti质粒及染色体功能的协同进化478
     22．13展望478
     参考文献479
    第23章 抗药性质粒483
     23．1质粒分类483
     23．2质粒介导的抗药性机制488
     23．3细菌病原体中抗生素抗性基因的进化和扩散492
     23．4抗性质粒的全序列测定494
     参考文献497
    第24章 pJM1和pCoIV-K30：含细菌毒力必需的铁摄取基因的质粒504
     24．1鳗弧菌的pJM1系统505
     24．2质粒介导的离子摄取系统的表达调控508
     24．3 pCoIV—K30质粒介导的铁摄取系统511
     24．4气杆菌素系统的分子流行病学514
     24．5结论516
     参考文献517
    第5篇 质粒的生态学和进化<br>    第25章 细菌质粒的进化和群体遗传学521
     25．1作为完全自私元件的质粒523
     25．2质粒给予宿主菌的好处525
     25．3复杂和变化的群体有利于质粒的存在528
     25．4产生多样性的重组过程530
     25．5细胞内竞争534
     25．6结论537
     参考文献538
    第26章 细菌的第二染色体和巨质粒542
     26．1原核生物染色体543
     26．2第二染色体、巨质粒和大质粒544
     26．3巨质粒和大质粒546
     26．4第二染色体和巨质粒的本质547
     26．5代表性种属的第二复制子547
     26．6结论552
     参考文献553
    第6篇 质粒作为遗传工具
    第27章 基因克隆与表达的质粒载体
     27. 1基因克隆载体
     27. 2表达载体系统
     27. 3基因表达载体元件
     27. 4由质粒递送的基因的表达<br>     27. 5结论与发展趋势<br>     参考文献<br>    第28章 质粒是研究细菌基因功能的遗传学工具581
     28．1质粒是构建突变体的工具581
     28．2质粒用于更多的反选择策略586
     28．3质粒系统用于捕捉启动子586
     28．4质粒是一种递送工具587
     28．5质粒用于各种遗传学操作588
     28．6质粒是基因组和亚基因组工程的工具588
     28．7质粒用于体内克隆和修饰系统591
     28．8质粒载体用于染色体整合592
     28．9质粒重排用于基因功能分析593
     28．10质粒在无抗性压力下的维持594
     28．11质粒是真核生物和病毒研究的工具594
     28．12结论595
     参考文献595
    第29章 质粒可以作为抑制工具602
     29．1主动抑制：基本原理及报告元件603
     29．2针对生物降解细菌的抑制策略608
     29．3增强抑制的策略611
     29．4主动抑制系统可作为应用和基础研究的工具612
     29．5结论与展望613
     参考文献614