遗传变异分析实验指南 / (美)M. P. 韦纳(M. P. Weiner)，(美)S. B. 加布里埃尔(S. B. Gabriel)，(美)J. C. 斯蒂芬斯(J. C. Stephens)主编 ; 张根发 ... [等] 译.——北京:科学出版社,2010. – (58.142057/5024)

Contents

    前 言
    
     大概是在2年前，当我们首次着手准备关于基因型研究的实验室指南时，我们的第一想法是，这本指南能够使用多久?就我们2005年底所知的大学和商业实体正在研发的1000美元基因组序列分析技术是否会令基因型分析技术落伍?采纳我们的科学家同事和冷泉港实验室出版社(Cold Spring Harbor Laboratory Press)编辑的建议，我们决定扩展指南的内容，把基因分型合并到完整基因组变异研究的更广大的领域。基于冷泉港实验室一直以来的杰出成果，我们努力想使本书为从事农业和动物领域研究的科研人员提供令他们感兴趣的信息。<br>     在计划这本指南的结构时，我们考虑过给各个不同层次的专业学者提供有用的信息。因此，我们把指南划分成5个部分。第l部分描述研究设计和读者在开始研发之前需要了解的工具。完整的基因组变异数据库的建立令人着迷：你看到的越多，你想要的也越多。但是不管怎样，数据量都不能克服研究计划的不足。实际上，统计学分析表明：一项不漂亮的研究设计中，尽管有可观的基因分型数据也得不到足够的关注，可能产生仅有表面价值的结果，如多重比较设计。第1部分的作者清楚地阐述了这个问题及其相关内容。<br>     虽然很容易想象出所有的基因组研究都从选择基因分型的方法开始，但是我们希望第1部分展示给读者的是一项正确的遗传研究，应从所涉及的问题和恰当的群体选择开始。本指南的第2部分是关于基因分型的基因组变异数据库的建立，共分为3个小部分，主要是提供了人们所期望从冷泉港实验室出版社的实验室指南系列获得的传统“配方和方案”。<br>     第2部分的第1小部分，讲述了从各种不同的样品中分离和制备核酸的方法，包括核糖核酸(RNA)和脱氧核糖核酸(DNA)。第7、8章重点讲述植物遗传研究材料的制备，也包括RNA的分离，因为许多情况不太复杂的转录子组的RNA是比较容易处理的。第9章包括从哺乳动物中制备DNA的12项实验方案，及2个全基因组扩增的2种方法：第一是聚合酶链反应过程，第二是使用“滚圆”复制作用。许多这些方法的试剂盒都可以从商品供应商那里获得，本书提供了试剂盒供应商的地址、配方基本成分和使用中出现问题的解决办法。<br>     第2部分的第2小部分，包括较低和中等通量的SNP基因分型方法。这是基因分型的一种方法(每天可鉴定数百个到一两千个基因型)，该方法可保证预期开展一或两项中型设定项目的平均大小的实验室建设。近10年我们看到这种通量的基因分型技术的暴发性增长。但是，这些方法大都可以被视作有2个组分：样品的检测和数据读取。典型的检测包括单一碱基链扩增、TaqMan、寡聚核苷酸连接和等位基因转移性扩增等。读取数据可以使用胶凝、毛细管电泳法、荧光极化和流式细胞仪等完成。<br>     正像DNA测序和oligo-DNA引物的合成，基因分型技术是可替换的。将来，大多数基于实验室的基因分型工作，可通过外购单独的核心设施来完成，但是对基因分型的产生机理的理解在核定其分型的可靠性工作中仍是重要的。<br>     随着更多基因组拷贝数变异信息的揭示，拷贝数变异成为基因组变异评价越来越高的一个重要方面。发现和测定染色体拷贝数目变化的能力成为我们认识正常状态和疾病状态之间差异的关键因素。幸运的是我们有几个章节涵盖了这个重要的主题。<br>     第3部分涉及对获得数据的分析及能帮助我们进行SNP选择策略和遗传关联的分析工具。在第4部分中，我们设法帮助读者理解生物有机体的当前研究状态，主要包括一些已完成基因组测序和不同水平上分析的几种植物和动物物种。第5部分主要描述一些关于人类变异的远景。<br>     本书缺少什么内容呢?我们有意识地放弃了关于超高通量(UHT)基因分型的大量信息。这方面研究的启动是昂贵的，况且技术一直在迅速地发展变化并超出了本书的范围。在我们早期的讨论中，我们曾考虑设一个部分论述能增加对遗传性疾病认识的遗传研究的一个或更多经典实例，如囊性纤维化或糖尿病。取而代之的是我们选择了感觉能引起更广泛兴趣的模式生物。我们也广泛地讨论了关于增加更多不同的模式生物，如果蝇、猪和牛等物种，但是最后，我们认为本书提供的模式生物资料足够使读者理解各种可用的信息。<br>    
    
    
    MICHAEL P．WEINER
    STACEY B．GABRIEL
    J．CLAIBORNE STEPHENS