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系统生物学基础 = Foundations of systems biology / (日)北野宏明编 ; 刘笔锋, 周艳红[等]译.——北京 : 化学工业出版社,2007.—(58.12/1263) |
Contents
目 录<br>
第1章 系统生物学：从系统水平认识生物系统 1
1．1 引言 1
1．2 测量技术与实验方法 3
1．3 系统结构鉴定 6
1．4 系统行为分析 8
1．5 生物学系统的鲁棒性 11
1．6 系统组计划 17
l. 7 系统生物学的影响 19
1．8 结论 19
第1部分 先进测量系统
第2章 四维显微方法自动化获取细胞系及线虫早期胚胎形成分析 27
2．1 引言 27
2．2 线虫 28
2．3 细胞系及应用 28
2．4 细胞系分析产生的历史 29
2．5 自动化获取细胞系 30
2．6 自动化获取细胞系系统的优点 33
2．7 细胞系获取系统的展望 34
2．8 系统化的细胞系分析 34
2．9 线虫的计算机仿真 35
2．10 结论 36
第Ⅱ部分 基因表达数据的反向工程和数据挖掘
第3章 基于DBRF方法从大规模稳态基因表达数据推测基因网络 41
3．1 引言 41
3．2 基于差异表达调控识别方法 42
3．3 计算实验 44
3．4 应用于酵母基因表达数据 47
3．5 讨论 48
3．6 结论 50
第4章 与癌症相关的基因表达矩阵分析 53
4．1 引言 53
4．2 分离器 54
4．3 噪声数据中分离器的识别 55
第5章 利用遗传规则实现从观测数据到代谢通路的自动反向工程 65
5．1 引言 65
5．2 例证问题叙述 67
5．3 遗传规划方法的背景介绍 67
5．4 化学反应网络的表示方法 68
5．5 准备工作 72
5．6 结果 75
5．7 结论 79
5．8 未来的工作 79
第Ⅲ部分 建模和仿真软件<br> 第6章 ERATO系统生物学工作平台：多尺度与多理论的系统生物学仿真集成环境 85
6．1 引言 85
6．2 系统生物学标记语言 87
6．3 系统生物学工作平台 89
6．4 总结与现状 93
第7章 信号转导自动模型的生成及在MAP-激酶途径中的应用 99
7．1 引言 99
7．2 自动槔型生成 100
7．3 含支架蛋白的MAPK途径：实验背景 106
7．4 含支架蛋白的MAPK途径：结果 107
7．5 讨论及未来方向 108
第8章 功能基因组学数据的大型生物系统建模：参数估计 111
8．1 引言 111
8．2 生化动力学仿真 112
8．3 最优化参数估计 115
8．4 简单系统的逆向工程 117
8．5 讨论 121
第Ⅳ部分 细胞仿真
第9章 迈向虚拟生物实验室 129
9．1 引言 129
9．2 模块化建模概念 130
9．3 虚拟生物实验室：概要 134
9．4 举例：大肠杆菌的代谢副产物抑制 137
9．5 举例：芽殖酵母的细胞周期调控 140
9．6 结论 143
第lO章 计算细胞生物学——随机方法 147
10．1 引言 147
10．2 细胞过程的随机仿真 148
10．3 细菌趋化现象建模 149
10．4 STOCHSIM的算法说明 149
10．5 与GILLESPIE算法的比较 151
10．6 STOCHSIM的空间扩展 152
10．7 未来的方向 155
第11章 细胞的计算机仿真：人体红细胞模型及其应用 161
11．1 引言 161
11．2 细胞过程的仿真算法 162
11．3 代谢过程的仿真 162
11．4 信号转导途径和基因表达调控网络的仿真
11．5 全细胞的仿真
11．6 结论
第V部分 系统水平分析
第12章 构建生物信号转导途径的数学模型：鲁棒性分析<br> 12．1 引言
12．2 细菌趋化性中完全适应和积分反馈控制的鲁棒性<br> 12．3 光转导中的单光子响应和钙介导反馈的重现性<br> 12．4 结论
第13章 动态平衡和信号转导中普遍存在的调节机制：双相响应调节与正反馈的结合
13．1 引言
13．2 双相调节——正反馈偶联理论
13．3 生物学中的双相调节与正反馈的结合
13．4 讨论
13．5 仿真
第14章 Rh0激酶途径和肌球蛋白轻链激酶途径在肌球蛋白轻链磷酸化中的不同作用：动力学仿真研究
14．1 引言
14．2 方法
14．3 结果与讨论<br>
