基因芯片数据分析与处理 / 李瑶主编.——北京:化学工业出版社,2006. -- (58.21/4012.2)

Contents

    目 录<br>    
    第一章 概述 1
    第一节 分子生物学技术及基因、基因组科学发展历史简介 1
    第二节 基因芯片技术简介 3
    第三节 生物信息学与基因芯片的数据挖掘 7
    第二章 微阵列基因芯片实验技术 11
    第一节 基因芯片的价值和分类 11
    第二节 基片的制备 15
    第三节 点样探针的制备 18
    第四节 基因芯片点样 22
    第五节 原位合成及纳米结构的基因芯片制备 28
    第六节 表达谱基因芯片的检测方法 34
    第三章 统计学基础 41
    第一节 统计学的基本概念 41
    第二节 假设检验 46
    第三节 方差分析 54
    第四节 聚类分析与判别分析简介 57
    第四章 实验设计 62
    第一节 样品配对模式 62
    第二节 样品的重复及合并 69
    第三节 总结 72
    第五章 基因芯片图像的采集和处理 74
    第一节 基因芯片图像的采集 74
    第二节 基因芯片图像的处理 81
    第三节 一些芯片扫描仪和芯片图像处理软件的介绍 88
    第六章 数据的预处理和归一化 98
    第一节 数据的预处理 98
    第二节 数据的归一化 104
    第七章 差异表达基因分析 120
    第一节 差异表达基因的挑选 120
    第二节 研究差异表达基因的意义 126
    第八章 芯片数据的可靠性分析 133
    第一节 数据的评价 133
    第二节 误差来源分析 142
    第三节 基因芯片的质控体系 149
    第四节 信号线性扩增技术及其评估 154
    第九章 聚类分析和可视化 162
    第一节 相似性(或距离)的度量 162
    第二节 聚类算法 167
    第三节 二维聚类 177
    第四节 主成分、SVD和基因修剪 178
    第十章 微阵列实验中的分类方法 181
    第一节 概述 182
    第二节 不同分类方法的概述 184
    第三节 分类中的一般问题 205
    第四节 性能评价 209
    第五节 实例分析 211
    第十一章 微阵列技术的标准化 218
    第一节 MIAME规则 218
    第二节 Affimetrix芯片系统与MIAME规则 223
    参考文献 227
    第十二章 基因芯片数据的基因注释和功能分析 228
    第一节 单一基因的注释 228
    第二节 转录因子调节的分析 235
    第三节 Gene Ontology数据库中基因功能分类的分析 240
    第四节 生物学通路和生物学相互作用的分析 243
    第十三章 系统生物学及基因调控网络 252
    第一节 系统生物学简介 252
    第二节 基因转录调控网络的构成 253
    第三节 用高斯图形模型推导基因调控网络 257
    第四节 贝叶斯网络模型在基因芯片数据中的应用 259
    第五节 从时间序列数据中推导基因调控网络 266
    第六节 通过基因扰动来推导基因调控网络的反义工程方法 270
    第七节 结论 271
    第十四章 基因芯片技术的应用——从基因筛选到临床诊断 274
    第一节 基因表达谱研究与临床肿瘤学 274
    第二节 微矩阵芯片和遗传多态性 278
    第三节 微矩阵和基因拷贝数变化 282
    第四节 微矩阵和感染性疾病 284
    第五节 微矩阵芯片的其他应用 288
    第十五章 主要数据分析软件的介绍 295
    第一节 分析软件在基因芯片技术中的地位 295
    第二节 主要图像和数据处理软件 296
    第三节 基因表达谱公共数据库 304
    第四节 基因注释数据库的访问 308
    第十六章 展望 312
    第一节 后基因组研究的趋势——系统生物学 312
    第二节 后基因组应用研究发展的趋势——基因组医学 314
    第三节 基因芯片技术在系统生物学和基因组医学中的地位 316